肛瘘一旦形成，便不能自愈，这是因为直肠内的污染物不断进入内口，内口会持续感染，反复的导致长期慢性炎症，而至使局部病灶形成纤维化管壁，管道常弯曲狭窄，致引流不畅，使感染沿括约肌间隙蔓延。肛瘘不手术是不行的，药物只能起到辅助作用，达不到治疗的效果，一旦确诊肛瘘，即应及时治疗，因为病程越长，瘘管可能向四周蔓延，形成较多管道或较多外口，成为复杂肛瘘，这一方面给治疗带来困难，同时手术创伤、愈合时间也会相应增加。
肛瘘不治疗的并发症：
肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁，形成互为因果。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，影响到肛门的生理功能。最为可怕的是，任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症，多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。
肛瘘初期瘘管尚无分枝，不仅可轻易地完成手术，而且肛门的机能也能迅速恢复正常，若对初期肛瘘置之不理，有的病灶会转到直肠周围和括约肌之间，瘘管会深且广地蔓延，形成复杂性肛瘘。由于手术需将包含肛门小窝的瘘管及瘢痕组织整个切除才能不复发，所以传统手术方法，即使单纯低位肛瘘，完全愈合的时间一般也要将近一个月左右的时间。