介绍，肛瘘的症状就是流脓，脓液多少与瘘管的长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适。此外，肛瘘患者当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。
瘙痒也是肛瘘可见的表现，由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
在瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重；但是当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛，内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
在肛瘘的急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可以出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状等全身表现。